Présente dans toutes les instances qui s’occupent des écoles, des collèges et des lycées, la FCPE est organisée en fédération qui fonctionne de manière décentralisée, et préserve l’indépendance et l’autonomie de ses composantes :

les parents d’élèves se regroupent au niveau d’un établissement (ou d’un groupe d’établissements) dans un conseil local;

les conseils locaux se coordonnent au niveau de la commune en union locale et du département en conseil départemental des parents d’élèves (CDPE);

les CDPE s’accordent aux échelons régionaux et académiques, et ils sont fédérés nationalement.